Als die Deutsche Bahn AG im Jahr 1996 beabsichtigte, die Bedienung der 10,3 km langen Nebenbahn von Eggmühl nach Langquaid einzustellen, war abzusehen, dass die logischen Konsequenzen daraus die Stilllegung und möglicherweise auch der Abbau der Bahnstrecke mit anschließender Herstellung eines Radwegs sein würden. Daraufhin bildete sich in den beiden Gemeinden Schierling und Langquaid ein kleiner Kreis von engagierten Eisenbahnfreunden, der sich dem Erhalt der Strecke verschrieb. Zum damaligen Zeitpunkt wurde die Strecke bei Vorhandensein von Fracht dreimal wöchentlich durch DB Cargo von Regensburg-Ost aus bedient. Kunden waren neben den Lagerhäusern in Schierling und Langquaid auch andere ortsansässige Gewerbebetriebe, welche allerdings auf Grund immer weiter und immer schneller steigernder Transportkosten zunehmend auf LKW setzten. Das Schierlinger Munitionsdepot sorgte für regelmäßiges Verkehrsaufkommen, teils sogar in beträchtlichem Ausmaß. Außerdem fanden gelegentlich Sonderfahrten mit Dampfzügen statt. Zunächst war nicht abzusehen, dass Instandhaltung und Betrieb einmal in den Händen der rührigen Eisenbahnfreunde selbst liegen würden. Vielmehr war beabsichtigt, den Status quo zu erhalten und in Zusammenarbeit mit den Gemeinden den lokalen Gewerbebetrieben den Transport auf der Schiene wieder schmackhaft zu machen, um so eine sichere Grundlage für den Weiterbetrieb der Nebenbahn zu schaffen.
Die Berechnungen der Deutschen Bahn zum aus ihrer Sicht notwendigen finanziellen Aufwand für eine Fortführung des Betriebes ließen allerdings deutlich erkennen, dass das Interesse von dieser Seite aber eher gering einzuschätzen war. Durch etliche Denkschriften und Diskussionsrunden konnte die örtliche Politik davon überzeugt werden, die Strecke ähnlich Vorbildern aus anderen Bundesländern mit eigenen Mitteln zu erhalten und schlussendlich selbst zu übernehmen, was ein zumindest in Bayern bis dato einzigartiges Unterfangen war. Aus dieser Initiative heraus erwuchs die Lokalbahn Schierling – Langquaid, die über die Jahre eine feste Größe in der Region geworden ist. Als Partner für die Übernahme konnte die Rhein-Sieg-Eisenbahn (RSE) aus Bonn gewonnen werden, welche von allen Bewerbern das beste Konzept vorgelegt hatte. Die RSE betreibt neben Eggmühl – Langquaid in Bayern mittlerweile auch die Strecken Bad Endorf – Obing, Passau – Freyung und Neumarkt-St. Veit – Frontenhausen-Marklkofen. Auf Grund sehr zäh verlaufender Verhandlungen aber dauerte es noch bis zum 1. Januar 2000, als das Teilstück von Eichbühl nach Langquaid von DB Netz auf Grundlage eines Pachtvertrages übernommen werden konnte. Interessant ist in diesem Zusammenhang, dass DB Netz zunächst die gesamte Strecke abgeben wollte, sich auf Grund der doch noch regelmäßig verkehrenden Übergabezüge zum Munitionsdepot aber dazu entschloss, nur das hintere Teilstück zu veräußern.
Im ersten Jahr konnten trotz weitaus höheren Potenzials nur wenige Transporte auf der Schiene durchgeführt werden, da DB Cargo für die Zustellung von Wagen auf dem übernommenen Streckenstück enorm hohe Kosten in Rechnung stellte. Dieser Umstand führte letztendlich dazu, dass eine eigene Lokomotive für die Strecke beschafft werden musste. Geplant war zunächst die Anschaffung einer Kleinlokomotive der Baureihe Köf II von der Deutschen Bahn, deren letzte Vertreter erst im Jahr zuvor aus dem aktiven Bestand des Unternehmens ausgemustert wurden. Anfragen diesbezüglich verliefen trotz Einschaltens von Abgeordneten des Bundestages negativ, da der Staatskonzern die zu jener Zeit mit Steuermitteln finanzierten Fahrzeuge zunächst aus Konkurrenzgründen überhaupt nicht verkaufen wollte und dann derart horrende Preisvorstellungen hatte, dass von weiteren Verhandlungen Abstand genommen werden musste. Nach Hinweisen anderer Eisenbahnfreunde wurde mit der mittlerweile geschlossenen Zuckerfabrik Zeil am Main Kontakt aufgenommen, die der LSL eine Kleinlokomotive MV 9 von Orenstein & Koppel günstig zum Kauf anbot. Seit dem Erwerb der Lokomotive und nachdem sie eine neue Hauptuntersuchung erhalten hat, führt die LSL seit Anfang des Jahres 2001 den Güterverkehr auf der Strecke in eigener Verantwortung durch. Die Anschaffung der MV 9 erwies sich auf Grund ihrer gegenüber einer Köf II höheren Leistung im Nachhinein als Glücksgriff.
Die Aktivität der LSL hat dazu geführt, dass bestehende Güterkunden nicht nur auf der Schiene gehalten, sondern – wie im Fall der BayWa – auch zwischenzeitlich wieder für den Bahntransport gewonnen werden konnten. Mit weiteren möglichen Kunden, unter anderem auch der Bundeswehr, wurden intensive Gespräche geführt. Auch wurden für das Lagerhaus Meier-Kammermeier in Eggmühl, das auch heute noch regelmäßig Getreideganzzüge erhält und verschickt, die Rangierarbeiten übernommen. Da die mittlerweile zu „Railion Deutschland AG“ umfirmierte DB Cargo 2002 mit der Durchführung ihres Sanierungsprogramms „Marktorientiertes Angebot Cargo“ („MORA-C“) begonnen und dabei auch die Bedienung des restlichen Streckenstücks von Eggmühl nach Eichbühl und des Bahnhofs Eggmühl selbst eingestellt hatte, war die RSE bis 2009 das einzige auf der Gesamtstrecke noch tätige Eisenbahnverkehrsunternehmen. Auf Grund der Intervention der LSL gelang es, den Bahnhof Eggmühl im ersten Schritt durch einen Kooperationsvertrag mit Railion als Tarifpunkt zumindest für Ganzzüge zu erhalten.
Da allgemein großes Interesse an regelmäßigen Personenzugfahrten auf der Strecke bestand, erfolgte Mitte des Jahres 2002 die Anschaffung eines Schienenbusbeiwagens von Auwärter, der von der Württembergischen Eisenbahngesellschaft (WEG) übernommen wurde. Dieser kam im Frühjahr des folgenden Jahres erstmalig zum Einsatz und bildet seither zusammen mit der MV 9 das „Bockerl“, welches seitdem regulär sechs Mal im Jahr zu größeren Festen und Märkten in Schierling und Langquaid verkehrt. Mit bezahlbaren Fahrpreisen ist eine Mitfahrt im „Bockerl“ auch für die einheimische Bevölkerung und vor allen Dingen für Kinder immer wieder eine Attraktion.
Im Jahr 2003 wollte DB Netz auch den vorderen Teil der Strecke, das Stück von Eggmühl nach Eichbühl, endgültig nicht mehr vorhalten und schrieb die gesamte Strecke zur Übernahme aus. Diesbezüglich wurden im Herbst desselben Jahres Verhandlungen aufgenommen. Dies war auch deshalb erforderlich, da der Pachtvertrag für den Abschnitt Eichbühl – Langquaid zum Ende des Jahres 2004 auslief. Die Verhandlungen mit DB Netz erwiesen sich erneut als äußerst schwierig, sodass erst nach massiver Intervention der beiden Anliegergemeinden, von Landtagsabgeordneten und des Bayerischen Wirtschaftsministeriums sprichwörtlich in letzter Minute eine Einigung zustande kam. Die RSE hat hiernach auch die Verantwortung als Eisenbahninfrastrukturunternehmen für die zuvor bereits von DB Netz gepachteten Anlagen im Bahnhof Eggmühl übernommen und ist seitdem Infrastrukturbetreiber der gesamten Nebenbahn. Der Bahnhof Eggmühl besteht nunmehr aus den beiden Teilen „Eggmühl DB“ und „Eggmühl NE“.
Zum Jahresbeginn 2006 erwarb die LSL zusätzlich die Lokomotive des Munitionsdepots, nicht nur, um sie vor einem möglichen Abtransport und einer eventueller Verschrottung zu bewahren, sondern auch, weil sie ein Teil der Geschichte der Lokalbahn und des ehemaligen landkreisübergreifenden Bundeswehrstandorts ist. Auf Grund abgelaufener Fristen ist sie derzeit allerdings nicht einsatzfähig im Lokschuppen des Munitionsdepots abgestellt.
Die Lokalbahn Schierling – Langquaid ist eine kleine Erfolgsgeschichte im Engagement gegen die Abschaffung der Eisenbahn in der Fläche und war sicherlich auch Wegbereiter für das eine oder andere Projekt, dessen Erfolg heute sichtbar ist. Wer möchte schon auf einer Bahntrasse mit dem Fahrrad fahren, wenn man doch auch in gemütlichem Tempo und ohne körperliche Anstrengung die langsam vorbeiziehende Landschaft genießen kann?